Libya'nın dağlık bölgesi Cebel Ahdar'da 1860'larda dünyaya gelen Muhtar, eğitimini bu bölgede etkin olan Senusi Hareketi medreselerinde aldı. Eğitimde gösterdiği başarıyla hareketin önde gelen isimlerinin dikkatini çeken Muhtar, 1899'da Çad'da Fransız sömürgesine karşı silahlı mücadele verdi.
1911'e gelindiğinde İtalya, Trablus ve Bingazi'ye saldırarak Libya'nın işgaline başladı. İtalyan kuvvetleri bölgedeki Osmanlı güçlerinden teslim olmalarını istedi ancak Osmanlı birlikleri bunu reddederek Libya yerel savunma güçleriyle birlikleriyle iç kesimlere çekilip, İtalyanlara karşı mücadele etti.
Balkan Savaşı'nın patlak vermesiyle Osmanlı birlikleri Anadolu'ya dönerken, İtalyanlar Trablusgarp vilayetine bağlı Trablus, Fizan ve Sirenayka bölgelerini ele geçirdi.
Mesleği Kur'an-ı Kerim ve İslami ilimler öğretmenliği olan Muhtar, coğrafyayı yakından tanıması ve uyguladığı stratejik savaş taktikleri sayesinde İtalyanları büyük hezimete uğrattı. Savaşlardaki başarılarıyla "Çöl Aslanı" lakabını alan Muhtar, ilerlemiş yaşına rağmen İtalya'ya karşı 22 yıllık mücadelesi boyunca birçok işgal valisini mağlubiyetle ülkesine gönderdi.
İtalya'daki yönetim değişikliğinin ardından iktidara gelen faşist lider Benito Mussolini, 1930'da bölgeye İtalyan valisi olarak General Radolfo Graziani'yi atadı.
Graziani yönetimindeki İtalyan güçlerinin ulusal direnişçilere karşı askeri girişimlerinin başarısız olmasının ardından, 1931'de Mussolini'nin de onayıyla İtalya bölgede kanlı yeni bir taktiğe girişti.
Cebel Ahdar bölgesindeki yaklaşık 100 bin kişilik yerel halk, sahil şeridindeki toplama kamplarına gönderildi ve Mısır sınırı da kapatılarak, Libya direnişçilerinin destek hattı kesildi.
Muhtar'ın liderlik ettiği Senusi birlikleri ise mücadelesine devam etti.
Ancak yerel halktan bazılarının İtalyanlarla iş birliği yapması ve İtalya hava kuvvetlerinin saldırılarıyla Muhtar, 11 Eylül 1931'de Slunta bölgesinde pusuya düşürülerek yaralı şekilde yakalandı.
İtalyan güçleri tarafından Slunta savaş esirleri kampında çıkarıldığı sözde "mahkeme" tarafından ölüm cezasına çarptırılan Muhtar, 16 Eylül 1931'de idam edilerek şehid edildi.
Muhtar'ın mücadele ettiği İtalyan Komutan Graziani, Muhtar ile tanışmasının ardından günlüğüne şunları not almıştı:
"Orta boylarda, iri yapılı, saçı, sakalı ve bıyıkları beyaz, Ömer, atik ve canlı bir zekaya sahipti, dini konularda bilgili, enerji dolu ve çetin bir karaktere sahipti. Özverili ve tavizsizdi. Senusi Hareketi'nin en önde gelen liderleri arasında yer almasına rağmen mütedeyyin ve fakir kalmıştı."
Türkçe karakter kullanılmayan ve büyük harflerle yazılmış yorumlar onaylanmamaktadır.